- Angka Pertumbuhan penduduk yang tinggi dan tidak diimbangi dengan penambahan jumlah rumah menyebabkan angka kekurangan rumah (backlog) semakin bertambah tinggi.
- Rendahnya kualitas perumahan penduduk berpenghasilan rendah.
- Cakupan pelayanan air minum belum optimal.
- .Belum optimalnya layanan drainase lingkungan permukiman
- Kondisi jalan lingkungan belum optimal
- Keterbatasan lahan untuk pengembangan perumahan dan permukiman baru
- Adanya rumah-rumah yang berada di lahan ilegal
- Timbulnya Rumah Tidak Layak Huni baru akibat kemiskinan dan genangan air
- Kondisi topografis Kota Pekalongan menyulitkan pengaturan saluran drainase, yaitu dengan kemiringan lahan rata-rata antara 0-6%
- Genangan air yang memicu timbulnya kawasan kumuh baru
- Ketergantungan air baku untuk air bersih pada Kabupaten Batang dan Kabupaten Pekalongan, sementara pemanfaatan sumur dalam, baik oleh PDAM ataupun oleh PAMSIMAS dan Swasta seperti hotel ataupun perusahaan dapat menjadi pemicu terjadinya penurunan permukaan tanah
- Keterbatasan lahan milik pemerintah untuk pengembangan sarana Sanitasi dan Air Bersih